Mikrobiyom Testleri Ne Kadar İşe Yarar?

Bağırsaklarımız bize hastalığımızı fısıldayabilir mi?

Bağırsaklarımız hayatla dolu. Gastrointestinal sistemimizde yer ve yiyecek için itişip kakışan yaklaşık 100 trilyon bakteri, virüs, mantar ve protozoa gibi tek hücreli organizmalar vardır. Rolleri, yemeklerimizdeki diyet lifini fermente etmekten vitamin sentezlemeye ve yağ metabolizmamızı düzenlemeye kadar değişir. Ayrıca, bağışıklık sistemimizle de etkileşime girerek istenmeyen istilacılardan korunmamıza yardımcı olurlar.

Obezite, kardiyovasküler hastalıklar ve otoimmün rahatsızlıklardan muzdarip hastalarda bağırsak sakinlerinin çeşitliliğinin değiştiğine dair yüzlerce yayın vardır. Bazı hastalıklar, belli bakterilerin bağırsaklarımızda daha fazla veya daha az olması ile ilişkilendirilmiştir. Sağlıklı yetişkinlerin bağırsaklarında en bol bulunan bakterilerden biri olan Faecalibacterium prausnitzii adlı çubuk şeklindeki bakterinin normalden düşük seviyeleri, inflamatuar hastalıklarla ilişkilendirilmiştir.

Tüm bu çalışmalar nedeniyle hastalar genellikle bağırsakla ilgili sorunları yönetmek, hangi tür diyetin veya gıda takviyesinin en uygun olduğunu bulmak ve kronik hastalık geliştirme riski hakkında bilgi almak için mikrobiyom testlerinden yarar göreceklerini düşünürler. 

Mikrobiyom testleri ne tür bilgiler sağlar, ne kadar faydalıdır ve sonuçları ne kadar güvenilirdir? 

Gerçek şu ki; şu ana kadar elde edilen verilerle henüz tek bir sağlıklı bağırsak mikrobiyom profili tanımlanamamıştır. 

Ayrıca, bağırsakla ve birbiri ile ilgisiz hastalıklarda (örn. kanser, kardiyovasküler hastalıklar, nöropsikiyatrik durumlar ve cilt problemleri ve otoimmün bozukluklar gibi) ortak bir bağırsak mikrobiyom imzası bulunurken, nedensellik çoğunlukla çözülememiştir. 

Genlerimiz, aldığımız ilaç türleri, maruz kaldığımız stres, sigara içip içmediğimiz ve yediklerimiz dahil olmak üzere çok sayıda faktör, bağırsaklarımızdaki mikroorganizmaların dengesini değiştirmek için etkileşime girebilir. İçimizdeki bu topluluğun yapısı aslında oldukça dinamiktir. Ve basit yaşam tarzı seçimi bile bağırsak mikroplarımızı değiştirebilir. 

Değişen bağırsak florası, düşük mikrobiyal zenginlik veya çeşitlilik, kısa zincirli yağ asidi üreten bakterilerin tükenmesi ve zamanla kompozisyonda istikrarsızlığa neden olabilir. 

Bununla birlikte, bağırsak mikrop çeşitliliğinin azalması her zaman sağlıksız bir bağırsak florası anlamına gelmez. Örneğin, çoğunlukla bitki bazlı bir diyet uygulayan bir hasta, geçici olarak bağırsak mikrobiyom çeşitliliğinde bir azalma gözlenebilir. Bu, özellikle bitki karbonhidratlarının parçalanmasında yer alan mikropların zenginleşmesinden kaynaklanır, ancak olumsuz bir sağlık işareti değildir. Aynı şekilde bebek sağlığı için yararlı olduğu bilinen anne sütünü parçalayan bazı bakteriler, emzirilen bebeklerin bağırsak mikrobiyomunu seçici olarak değiştirip florada düşük çeşitliliğe neden olabilir. 

Basitçe söylemek gerekirse, bağırsak mikrobiyomu her insan için benzersizdir ve nispeten kararlı ve dirençlidir, bu nedenle birisinin belirli bir bağırsak mikrobiyomu bileşiminden mi yoksa mevcut bağırsak mikrobiyomunu yeni bir bileşime değiştirmekten mi fayda sağlayacağını tahmin etmek zordur.

Mikrobiyom Testleri

Bağırsak mikroplarını incelemek için farklı mikrobiyom testleri vardır. Tüm mikrobiyomun haritasını çıkaranlar, disbiyozu (bağırsaktaki bakteri dengesizlikleri) test edenler ve parazitleri ve patojenleri test edenler olarak ayrılır. Bu testlerin birçoğu, özellikle de mikrobiyom haritalama testleri, size bağırsaklarınızdaki bakteri topluluğu hakkında bilgi verir, ancak bunun ne anlama geldiğini veya bu konuda ne yapılması gerektiğini söylemez.

Mikrobiyom haritalaması, araştırmacıların bağırsak mikrobiyomunu daha iyi anlamalarına yardımcı olur, ancak bu testler henüz klinik bir ortamda kullanışlı değildir. Aynısı, disbiyoz testleri için de geçerlidir. Bir kişi için disbiyotik mikrobiyota olabilecek bir şey, başka biri için olmayabilir. 

Günümüzde bağırsak mikrobiyomu testlerinde bakteri türleri ve bazen de virüsler ve parazitler dahil olmak üzere mikroorganizma içeriği açısından dışkı örneği analiz edilir. Dışkı kültürü ile bakteri tespiti ve tanımlanması veya mikroorganzimaların geniş bir bölümünü DNA/RNA bazında PCR ile taranmasıdır.

Kültür testlerinde elde edilen sonuçları değerlendirmek zordur. Bir mikrop kültür ortamında kolayca ürüyorsa, bu, dışkı örneğinde mutlaka en bol veya önemli olduğu anlamına gelmez.

İkinci ana mikrobiyom test türü ise mikroorganizma tanımlamada tercih edilen 16S ribozomal RNA genlerinin yeni nesil dizi analizi veya tüm genom dizilimi gibi DNA tabanlı yöntemlerin kullanıldığı moleküler tabanlı dışkı testleridir.  Farklı yöntemler kullanılabilir. 

İçlerinde en sık çalışılan Mikrobiyom Haritalamadır; bağırsaklarınızın mikrobiyota bileşiminin genetik profilini bir dışkı örneğinden analiz etmektir. Temelde bağırsak mikrofloranızın tamamının haritasını çıkarır ve ardından mikrobiyal bileşiminizin DNA'sını diğer insanların mikrobiyomlarının veri tabanlarına göre karşılaştıran algoritmalar kullanır. Bu tür testler, araştırma ve veri toplama amaçları için kullanışlıdır, ancak mikrobiyom haritalaması henüz birey için klinik olarak kullanılabilir ve bilgi sunabileceği bir noktada değildir.

Günümüzde mevcut mikrobiyom testleri bütün bu farklı tekniklerle taksonomiye odaklanmaktadır. Çoğu teşhis veya prognostik kullanım için çok az bilgi sağlamaktadır. Bazı bağırsak mikrobiyom veya dışkı testlerinin değeri olsa da sonuçların nasıl doğru yorumlanacağı bilinmemektedir ve sonuçlara garanti edilenden daha fazla önem atfedebilir. 

Mikrobiyom testi henüz başlangıç ??aşamasındadır

Genel sağlığın bir göstergesi olarak mikrobiyom testlerinin kullanılmasından önce önümüzde öğrenilecek daha çok şey olduğunu biliyoruz. Şu ana kadar öğrendiklerimiz aşağıdaki gibi özetlenebilir; 

• Bir kişinin belirli bir hastalığa yakalanıp yakalanmayacağını güvenilir bir şekilde tahmin edebilen sağlıklı veya normal bir bağırsak mikrobiyomu henüz tanımlanmadı.
• Bağırsak mikrobiyomunu incelemek için dışkı örneklerine güvenmek yanlıştır, çünkü dışkıdaki mikrobiyom bağırsak mukozasındaki mikrobiyomu tam olarak yansıtmaz. Dışkı mikrobiyomu gastrointestinal sistemin her bir bölümüne bağlı olarak değişen lümen mikrobiyomundan farklıdır.
• Bazı ticari mikrobiyom test raporları, hastanın bağırsak mikrobiyom profilini "iyi" ve "kötü" bakteriler açısından tanımlar. Belirli bir bağırsak mikrobunun davranışı, içinde yaşadığı çevreye ve diğer komensal türlerle etkileşimlerine bağlıdır. Örneğin, bazı insanlar potansiyel patojen Clostridioides difficile'ni asemptomatik olarak taşırlar. 
• Ticari bir mikrobiyom testinin büyük miktarda bilgi sağlaması, güvenilirliğinin bir göstergesi değildir. Bakteriyel gen dizilerinin yaklaşık %20'si tanımlanmamıştır ve 10 milyon mikrobiyal genin %40'ından fazlası karakterize edilmemiş işlevlere sahiptir; bu, belirli mikrobiyal metabolit düzeylerini düzeltmek için diyet veya gıda takviyelerinin nasıl kullanılacağına dair bilgiler için henüz yeterli değildir. 
• Bazı dışkı mikrobiyom testleri, dışkı yağı (yağ emilim bozukluğu olup olmadığını değerlendirmek için) veya dışkı elastazı (yeterli pankreatik enzim üretiminin bir belirteci) gibi dışkıdaki mikropların ötesinde bilgiler sunar, ancak bu spesifik testler zaten mikrobiyom olmadan rahatlıkla test edilebilir. Dışkı analizi ayrıca, inflamatuar bağırsak hastalığı (IBD) ve irritabl bağırsak sendromu (IBS) gibi durumları teşhis etmek veya ayırt etmek amacıyla kimyasal veya biyolojik belirteçleri (örneğin, inflamatuar belirteçler) arayabilir.

Araştırmacılar, mikrobiyom testlerinin sağladığı bilgilerin ne anlama geldiğini bilmek için henüz çok erken olduğu konusunda hemfikirdir. İlginç ve yüz güldürücü olsa da mikrobiyom dışkı testi şu anda tüketicilere pazarlanmak için zamanının biraz ilerisinde kabul edilmektedir.

Uzm.Dr. Tutku Taşkınoğlu