Kalıtsal Kanser Paneli
Kalıtsal Kanser Paneli
Sinonim: Ailesel Kanser
Çalışma Zamanı: Her gün
Sonuç Verme Zamanı: 45 gün
Numune Türü: EDTA’lı tam kan
Numune Miktarı: 5 ml
Numune Kabı: Mor kapaklı tüp
Çalışma Yöntemi: Yeni nesil dizi analizi
Referans Aralığı: -
Kullanımı: Genel popülasyon riski 1/8 olan meme kanserinde genel risk faktörleri:cinsiyet, yaş, menarş ve menopoz yaşı, nulliparite, meme biyopsisinde atipik hiperplazi, obesite, hormon replasmanı, oral kontraseptif kullanımı olarak bildirilmektedir. Bunun yanı sıra yüksek penetranslı ve düşük penetranslı genler, modifiye edici genler ile epigenetik etkenler meme kanserinde önem taşımaktadır. Meme kanseri olgularının %10’unun ailesel olduğu bilinmektedir. Bu kalıtsal olguların %90’ında hastalığa yatkınlık gelişmesine BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki belirli mutasyonlar yol açmaktadır. Kalıtsal olsun veya olmasın tüm olguların %3.5-6’sında BRCA1 ve %2-3.5’inde BRCA2 geni mutasyonlarının saptandığı bilinmektedir. Bu majör etkili kanser yatkınlık geni taşıyıcılığı önemli risk faktörleri arasında olup ailesel meme kanseri olgularının izleminde önemli yer tutmaktadır.
Bu iki major genin yanı sıra PIK3CA, TP53, PTEN, CDH1, STK11, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM, MUTYH, ATM, APC, NBN, BARD1, BRIP1, MRE11A, PALB2, RAD50, RAD51C, RAD51D, ABRAXAS1, CHECK2 ve XRCC2 genlerindeki belirli mutasyonların da ailesel meme kanserinde rol oynadığı bilinmektedir. TP53 geni, kansere yatkınlık nedeni olan tumor supresor genlerdendir. 17. kromozomun kısa kolu (17p13.1) üzerinde yer alır ve 11 ekzondan oluşur. Ilk ekzonu kodlamayan baslangic dizileridir. Ozellikle myeloid hucre kokenli losemilerde TP53 geninin delesyonu onem kazanmaktadir. Bunun yanida TP53 ile ilişkili otozomal dominant 2 kalitsal/ailesel kanser sendromu tanımlanmıştır: klasik Li-Fraumeni Sendromu (LFS) ve Li-Fraumeni-like (LFL) Sendromu. Yumuşak doku sarkoması, osteosarkom, premenapozal meme kanseri, beyin tümörü, adrenokortikal karsinoma ile kendisini gösterir.
PTEN geni, PI3K/Akt sinyal yolağı ile bağlantılı bir fosfataz kodlar. Bu yolak bilinen en önemli kanser öncüllerindendir ve DNA tamiri, genomik instabilite, kök hücre yenilenmesi, hücresel yaşlanma ve metastazla ilişkilidir. Tümör supresör olarak tanımlanmış olan PTEN bir çok kanserde sıklıkla mutasyona uğrar. Fonksiyonunun kaybına yolaçan mutasyonları, kalıtsal kanser sendromları yanısıra sporadik solid doku kanserlerine de yol açar. Neden olduğu kalıtsal kanser/kansere yatkınlık sendromları: Bannayan-Riley-Ruvalcapa sendromu, Cowden sendromu, 10q23 delesyon sendromu, infantil form juvenil polipozis sendromu, Makrosefali/otizm sendromu, Lhermitte-Ductos sendromu ve Proteus sendromudur. Bunun yanısıra sporadik endometrium, meme, mesane, mide, tiroid ve prostat kanserleri ile malign melanom, meningiom, oligodendrogliom, lenfoma ve baş/boyun squamoz hücreli karsinomlarında da karsinogenezisten sorumlu tutulmaktadır. PTEN mutasyonlarının küçük hücreli akciğer kanser olgularının %13 ‘ünde saptandığı bildirilmiştir. PTEN mutasyonları EGFR/PI3K/AKT yolak inhibitörlerine cevabı etkileyebilen mutasyonlardır, bu nedenle bu yolak inhibisyonuna yönelik hedefli tedavilerde direnç geliştiğinde gözönünde bulundurulmalıdır. Bunun yanısıra, PTEN defekti olan akciğer kanserinde bu defekti hedefleyen tedavi molekülleri (Olaparib) de geliştirilmiştir. Kalıtsal kanser sendromları için periferik kandan, sporadik solid doku kanserleri için dokudan inceleme yapılması gerekmektedir. Çok farklı mutasyonları tanımlanmıştır.
Mide kanseri vakalarının çoğunluğu sporadik olmakla birlikte bu vakaların %5’inin kalıtsal olduğu tahmin edilmektedir. A.B.D.’de 2004 yılında 1.134 vakanın primer kalıtsal faktörlere bağlı olarak ortaya çıktığı bilinmektedir. Mide kanseri vakalarının söz konusu %5’lik kısmı klasik kalıtsal etyolojiye sahiptir ve mide kanseri yatkınlık sendromları ile ilişkilidir. CDH1 (E-kaderin) geninde meydana gelen “germline” mutasyonlar HDGC (Herediter Difüz Gastrik Kanser)’lerin yaklaşık %30-40’ından sorumludur. Bunların yaklaşık %75’i “truncating” mutasyonlardır.Germline CDH1 mutasyonunun yüksek penetransa sahip olduğu bilinmektedir.
Bu mutasyonu taşıyan bireylerde kanser gelişme riski yaklaşık %70 olarak bildirilmektedir. 16q22.1’de localize olan CDH1 geni 16 ekzondan oluşur. Yatkınlık nedeni olarak tanımlanan 57 mutasyonun %75’i ürünün boyunu değiştirir. Mutasyonlar tüm gene eşit olarak dağılmıştır.
Gastrointestinal polipler ve mukokutanöz pigmentasyon ile karakterize olan Peutz-Jeghers sendromunda (PJS) sıklıkla jujenım, ileum ve duodenum bölgesinde gözlenen polipler daha az sıklıkta mide, kalın bağırsaklar ve nasal pasajda izlenir. Kanama ve anemiye neden olan polipler obstrüksiyon ve vajinasyona bağlı tekrarlayan laparotomi ile bağırsak rezeksiyonu gerektiren klinik tablolara yol açar. Çocukluk çağında gözlenen mukokutanöz pigmentasyon ağız, göz ve burun delikleri ile perianal ve bukkal mukozada ortaya çıkar. Hastalarda; kolorektal, gastrik, pankreatik, meme ve over gibi farklı epitelyal tümörler için risk artışı mevcuttur. Kadınlarda; seks kord tümörlerinin yanı sıra over, serviks adenomu gibi benign tümörler için risk artmıştır.
PJS tanısı öncelikle klinik bulguların varlığı ile konur. Aile öyküsü pozitif olan hastaların hemen hemen tamamında STK11 (LKB1) gen mutasyonları saptanırken aile öyküsü negatif olgularda bu oran %90'dır. Aile öyküsü bulunan hastalarda sadece DNA dizi analizi uygulanması durumunda %55'inde mutasyonlar tanımlanmaktadır. Aile öyküsü olmayan olgularda ise bu oran %70'dir. Bu iki hasta grubunda MLPA analizinin de uygulanması durumunda mutasyonların tanımlanma oranları sırasıyla %100 ve %91'e yükselmektedir.
HNPCC, kolorektal kanserlere genetik yatkınlığın en sık görülen formu olup tüm KRK’lerin %2-3’ünü oluşturmaktadır. HNPCC sendromunda KRK’lerin yanı sıra, sıklıkla endometrium kanseri, bunun yanı sıra mide, over, pankreas, üretra, beyin ve ince barsak kanserlerinin de görüldüğü bilinmektedir. DNA yanlış eşleşme onarımında (MMR – mismatch repair) rol oynayan genlerdeki (MLH1, MLH3, MSH2, MSH6, PMS1, PMS2) mutasyonlar DNA onarım defektlerine neden olur. Bu mutasyonların germline olması HNPCC’e yatkınlığa yol açarlar. Lynch sendromuna ait klinik kriterleri taşıyan bireylerin yarısından fazlasında MMR mutasyonu vardır ve bu bireylerin yaşam boyu KRK riski %80 olarak bildirilmektedir. Bu bireylerde gelişen KRK’lerin %80-90’ında mikrosatelit instabilitesi gözlenmektedir.
Meme, over, pankreas, mide, kolon, prostat, endometriyum ile ilişkili kanserler ve melanom; Lynch Sendromu, Bloom Sendromu , Von-Hippel Sendromu , ve Xeroderma Pigmentosum, Fanconi Aplastik Anemisi gibi birçok kanser mekanizmasında yer alan genleri yeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmektedir.
59 Gen Panel İçeriği; APC, ATM, AXIN2, BAP1, BARD1, BLM, BMPR1A, BRCA1/2 (tüm gen dizi analizi ve delesyon/duplikasyonları), BRIP1, CDH1, CDK4, CDKN2A, CHEK2, DDB2, EPCAM, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, FANCA, FANCC, FH, FLCN, GALNT12, HDAC2, HOXB13, MEN1, MET, MITF, MLH1, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, NTHL1, PALB2, PMS2, POLD1, POLE, POLH, PTCH1, PTEN, RAD51C, RAD51D, RB1, RET, SMAD4, STK11, TP53, TSC1, TSC2, VHL, WT1, XPA, XPC
113 Gen Panel İçeriği: ACD, AIP, AKT1, APC, ATM, BAP1, BARD1, BLM, BMPR1A, BRCA1/2 (tüm gen dizi analizi ve delesyon/duplikasyonları), BRIP1, CASR, CDC73, CDH1, CDK4, CDKN1B, CDKN2A, CEBPA, CHEK2, CTRC, DDB2, DICER1, DIS3L2, EPCAM, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, FAM175A, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FH, FLCN, GALNT12, GATA2, GPC3, GREM1, HOXB13, KIF1B, KIT, LZTR1, MAX, MEN1, MET, MITF, MLH1, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, NSD1, NTHL1, PALB2, PDGFRA, PHOX2B, PIK3CA, PMS2, POLD1, POLE, POT1, PRKAR1A, PTCH1, PTEN, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RB1, RECQL4, RET, RHBDF2, RINT1, RUNX1, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SLX4, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SPINK1, SPRED1, STK11, SUFU, TERF2IP, TERT, TMEM127, TP53, TSC1, TSC2, VHL, WT1, XPA, XPC, XRCC2
Laboratuvar Kodu: 4058